巩永固一一批准了他们的请求，他深知这些人的心思，他们无非是想通过辞职来表达自己对大明的忠心。

巩永固在掌握政权之后，着手大力改组内阁制度。

经过深思熟虑与精心规划，他构建了全新的权力架构：设立军机处，作为自己处理军务的机构；扩大内阁行政权力，内阁设首相一人，肩负统筹全局、引领方向的重大职责；同时，设置副相两人，辅助首相处理各类繁杂事务。

为了避免权力过度集中与职能混乱，规定首相与副相均不得兼任尚书或侍郎之职，以确保各职责界限清晰，分工明确。

此外，巩永固还对朝廷的机构设置进行了创新与拓展。在原有的六部之外，增设了商部。

商部则专注于管理商业活动、规范市场秩序、推动商业发展与贸易交流等商业领域的工作。

在人事任命方面，巩永固经过多方考量与审慎抉择，起用担任过苏州知府、礼部侍郎的陈洪谧担任内阁首相，任命担任过两淮盐政使、应天府尹的白源出任户部尚书，扬州盐商萧天逸次子萧远和担任商部尚书。

在政权架构的调整与变革中，对于给事中这一类的言官，巩永固做出了果断且坚决的决策，一律予以裁撤。

他认为此类言官在过往的政务运行中，不仅未能发挥积极有效的监督与建言作用，反而常常因个人私利或派别纷争，干扰政务的正常推进，影响国家政策的实施与发展。

与此同时，为了强化监察职能，巩永固任命巩德担任监察御史，并大力增加御史台的权力，使其在监察百官、肃正朝纲方面拥有更大的话语权和处置权。

不仅如此，为了保障御史台能够更加有力地履行监察职责，巩永固还特别给予御史台五千兵丁的配置。