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阿克巴虽是一个正统的伊斯兰教徒，但在宗教问题上却不抱成见。1565年废除对非伊斯兰教徒征收的人头税。政府中也任用很多印度教徒。
1567年10月，阿克巴攻打反抗的拉其普特人的要塞——齐图（奇托尔）。这次围攻持续了4个月。阿克巴在这次战役中表现出高度的指挥才能，他围绕齐图城挖一条很深的壕沟，以掩蔽士兵；命士兵每人手持可转动盾牌，以挡敌人刀箭；他在城外筑一座很高的建筑物，以俯瞰全城，指挥战斗。最后，莫卧儿军用炮火猛轰城堡，阿克巴射死守将查马尔，攻陷齐图，守城的拉其普特士兵全部战死。阿克巴为这种顽强的抵抗所激怒，进城大规模屠杀非战斗人员。1570年阿克巴又攻占另外两个拉其普特要塞，从此基本上解除了拉其普特人的威胁。
1572年，西部的古吉拉特王国（今印度古吉拉特邦）发生内乱，阿克巴利用该地国王穆扎法尔沙三世无能、管理混乱为借口，在该地另一派领袖伊蒂马德汗的要求下，亲自率兵出征古吉拉特。1573年，古吉拉特归莫儿尔管辖。但不久这里发生叛乱，远在千里之外的阿克巴率3000骑兵回师平叛，一举打垮数万叛军。1575年，孟加拉王公达乌德宣布脱离莫卧儿帝国独立，阿克巴赶往孟加拉平定了叛乱。同年，收复比哈尔。但不久，驻扎在这里的军队哗变，阿克巴用了三年时间才镇压下去。
1576年，阿克巴派大将拉贾-曼恩在哈尔迪加蒂战役中击败了西拉杰普特人的联军，压制了拉贾斯坦地区。同年，阿克巴采纳大臣法齐尔的建议，在法特普尔·西克里修建一座礼拜堂（意为信仰之殿），挑选各种宗教思想的代表在这里举行宗教辩论，阿克巴还亲自主持过辩论会。
1579年9月，阿克巴宣布自己为“苏坦尼·阿迪尔”（意为正义之王），是伊斯兰法律的最高解释者。这使他具有了解决伊斯兰教一切问题的最高权力。1580年他招请基督教牧师布道，这些做法引起正统的穆斯林贵族的不满，成为1580年孟加拉、比哈尔穆斯林贵族叛乱的主要原因。阿克巴坚决地镇压了叛乱，继续推行宽容的宗教政策。
1578年葡萄牙第乌总督巴雷托麾下的舰队与莫卧儿帝国苏拉特方面发生了局部冲突（苏拉特事件），以葡萄牙获胜告终。战后，由于阿克巴大帝的宽容，双方很快恢复了友好关系。
1585年到1587年，阿克巴兼并克什米尔。1587年，西北地区阿富汗人骚扰喀布尔，阿克巴派军队攻打他们，结果全军覆没。阿克巴又另派了一支部队，才消灭了他们。1591年，阿克巴借口平息内部纠纷，侵入信德南部。1594年从波斯人手中夺回坎大哈，大大巩固了印度斯坦西北部的统治。阿克巴去世时，莫卧儿帝国东起布拉马普特拉河，南至戈达瓦里河，西至喀布尔，北抵克什米尔，成为一个庞大的帝国。
四、帝国文治
1582年到1585年，帝国内部相对稳定，阿克巴集中力量从事国内政治、经济、文化方面的改革。他尽可能将穆斯林大贵族的采邑（贾吉尔）收归国有，改付他们以薪金。德里苏丹时期普遍实行的包税制度，阿克巴予以废除。1582年，阿克巴任命托达尔·马尔为财政大臣，委托他进行改革税制。
首先，政府确定统一的度量衡制，然后开始对全国土地进行丈量，按照肥沃程度将土地分为3级9等，并规定每一等级土地的税收标准。税收总额有所减少，但由于开支也相应减少，政府净收入能保持不变。这些措施，不同程度地减轻了农民的负担，促进了经济的发展。帝国的首都阿格拉成为当时世界上人口最多、最繁华的城市之一。全国128个税区年田赋收入总额18.2亿卢比，为其他改革提供了财政基础，促进了农业生产的发展。实行现金缴纳办法，有利于农村商品经济和货币交换的发展。同时，还规定对印度教徒和穆斯林商人实行统一税率，废除对非伊斯兰教徒征收的人头税。
其次，阿克巴改革政治制度，建立了完备的专制主义中央集权制，即“曼萨布达尔制”。君主有至高无上的权力，下设四个大臣，分管财政、军事、工商业、宗教司法。他们是：“地万”，掌握税收和财政；“米尔·巴克希”，是军事部门的领袖，“米尔·萨曼”，是管理工厂和仓库的主要行政官；“萨德尔·乌斯·萨德尔”，是主管教会和司法部门的首脑。此外，还有皇帝的私人秘书“达罗格·伊·古塞尔·汗那”和诏谕润色者“阿尔兹·伊·穆卡拉尔热”；情报主管人“达罗格·伊·达克兆基”和奏书主管人“米尔·阿尔兹”。关于省及地方行政，阿克巴把帝国分为十五个“苏巴”，即省，省的组织如同一个小帝国组织。省长称“苏巴达尔”，由中央任命，由“地万”、“巴克希”、“魁齐”和“萨维尔”加以协助。阿克巴以分权、缩短省长任期以及经常调动等手段，控制各省，并通过公开或秘密的情报员，了解下情，监督各级官吏。
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全部政府官员都授予军阶，按军事方式编制起来。军阶根据指挥人数分33级。最高级指挥人，最低级指挥10人。每个军官至少在原则上是由皇帝任命的，兵士由官吏自己募集、给养。军官按品级领有大小不同的军事封建领地“贾吉尔”；文官按级别从国库领取薪饷，而不占有贾吉尔。这些规定加强了中央对各级官吏的控制，并限制了大贾吉尔达尔的地方割据倾向。